O prédio tem várias aberturas para o entorno, onde está sendo cultivado um jardim botânico, para a cidade e para o mar. Lá dentro, estão em obras dois aquários, um com espécies do Atlântico e outro do Pacífico, unidos ali pelo canal de 80 quilômetros, aberto à navegação em 15 de agosto de 1914.
Desde o fim de 1999, quando assumiu o controle do canal, construído e operado até então pelos EUA, o Panamá passa por uma ampla modernização, que inclui a ampliação da passagem interoceânica por onde passaram 1 milhão de navios até 2010.
Uma ala do museu é dedicada ao surgimento do istmo centro-americano por força de erupções vulcânicas, há 45 milhões de anos. Essa ponte entre as Américas do Norte e do Sul só foi concluída há cerca de 20 milhões de anos.
Como se acredita que o homem chegou à América atravessando da Rússia para o Alasca pelo que hoje é o Estreito de Behring, congelado durante a Era Glacial, veio para o Sul pelo istmo centro-americano. A América Central dividiu os dois maiores oceanos da Terra e também permitiu a migração de animais.
Há ainda um setor de fósseis encontrados durante as obras de ampliação do canal, que incluem um megatubarão de até 30 metros de comprimento e pequenas espécies de camelos e cavalos hoje extintas.
